学院前身内蒙古工业学校，创建于1952年9月，原名扎兰屯工业学校。1953年7月经内蒙古自治区政府工业部批准更名为内蒙古工业学校，1956年8月由扎兰屯迁到呼和浩特海拉尔大街40号，是新中国成立后内蒙古自治区成立的第一所工科类中等专业学校。2003年5月经自治区人民政府批准，升格为高等职业技术院校，更名为内蒙古机电职业技术学院，隶属于自治区人民政府。2006年，内蒙古水利学校整体并入。建校近70年来，共培养出80000多名毕业生，在推动自治区工业化进程中发挥了重要作用，是内蒙古能源、冶金行业最大的高素质技术技能型专门人才培养基地。
学院成立后，在自治区党委、政府的关怀下，在上级有关部门的正确领导和大力支持下，学院领导班子带领广大教职工解放思想、更新观念，抢抓机遇，开拓进取，用发展的办法解决历史和发展中存在的问题。使学院在人才培养、专业建设、教学改革、师资队伍建设、人事分配制度改革、招生就业和基本建设等方面取得了长足的发展，形成了以全日制高等职业教育为主，兼办中等职业教育，同时面向社会开展多形式、多层次的职业技能培训的办学格局。
内蒙古机电职业技术学院已于2009年8月整体搬迁入住新校区，新校区规划总建筑面积33万平方米。一期工程建设规模为29.7万平方米，于2007年8月20日开工建设，2009年8月竣工并投入使用。
